Dalam pelaksanaan tugas dan fungsi tersebut Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kabupaten Paser mempunyai struktur organisasi sebagai berikut :
- Kepala
- Sekretaris
- Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
- Sub Bagian Umum
- Bidang Pengadaaan, Pemberhentian dan Informasi
- Bidang Pengembangan, Mutasi dan Promosi
- Bidang Penilaian Kinerja, Disiplin ASN dan Penghargaan
Uraian tugas dan fungsi masing-masing bidang dan seksi lebih rinci diuraikan dalam Peraturan Bupati Paser Nomor 29 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kabupaten Paser.
- Sekretaris