Dalam pelaksanaan tugas dan fungsi tersebut Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kabupaten Paser mempunyai struktur organisasi sebagai berikut :

  • Kepala
    • Sekretaris
      • Sub Bagian Perencanaan dan Keuangan
      • Sub Bagian Umum dan Kepegawaian
    • Bidang Pengadaaan dan Informasi Kepegawaian
      • Sub Bidang Pengadaan dan Pemberhentian
      • Sub Bidang Data dan Informasi Kepegawaian
    • Bidang Diklat, Pengembangan dan Mutasi
      • Sub Bidang Pengembangan dan Diklat
      • Sub Bidang Mutasi dan Kepangkatan
    • Bidang Penilaian Kinerja dan Kesejahteraan ASN
      • Sub Bidang Penilaian dan Evaluasi Kinerja Aparatur
      • Sub Bidang Disiplin dan Penghargaan
      • Sub Bidang Kesejahteraan dan Fasilitasi Profesi ASN

Uraian tugas dan fungsi masing-masing bidang dan seksi lebih rinci diuraikan dalam Peraturan Bupati Paser Nomor 29 Tahun 2020 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta Tata Kerja Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kabupaten Paser.